Dari data yang pernah dilaporkan beberapa lembaga pertanian organik memiliki kelebihan atau keuntungan dibandingkan dengan pertanian nonorganik. Namun demikian data tersebut masih perlu diteliti dan diuji tingkat keakurasiannya dalam kondisi beragam dan skala yang lebih luas.
Beberapa keuntungan dari pertanian organik antara lain :
Meningkatkan ketahanan tanaman terhadap serangan Organisme Pengganggu Tanaman
Pemberian pupuk organik menjadikan vigor akar dan batang tanaman lebih kokoh sehingga menurunkan serangan beberapa organisme pengganggu tanaman seperti : nematoda bintil akar pada tanaman tomat dan tanaman padi lebih tahan terhadap serangan hama.
Meningkatkan aktivitas mikroorganisme antagonis
Pemberian pupuk organik dapat meningkatkan populasi mikroorganisme yang menguntungkan bagi tanaman seperti rhizobium dan mikoriza.
Membantu mencegah erosi
Pemberian pupuk organik membantu menurunkan tingkat erosi pada tanah yang mudah terkikis oleh air dan angin. Penambahan bahan organik akan merangsang pertumbuhan fungi, bakteri dan aktinomicetes. Mycelium dan eksudatnya menjadikan struktur tanah lebih kompak.
Meningkatkan cita rasa
Beras menjadi lebih pulen, singkong lebih terasa gembur, dan buah-buahan lebih manis.
Menaikkan kandungan gizi
Pemberian pupuk organik dapat meningkatkan kandungan protein pada tanaman kacang-kacangan hingga 14%.
Memperbaiki tekstur buah
Pupuk organik menyebabkan penampakan kulit buah strawberry dan cabai lebih mengkilap.
Memperpanjang masa simpan
Pemberian pupuk organik dapat memperpanjang masa simpan karena buah tidak cepat busuk.
